Организационно-методическая деятельность учреждения осуществляется сотрудниками научно-организационного отдела, созданного в 2006 году. Первым руководителем отдела стал доктор медицинских наук, профессор Алексей Алексеевич Кубанов. В настоящее время обязанности заведующего научно-организационным отделом исполняет доктор медицинских наук, профессор Маргарита Рафиковна Рахматулина. В отделе сформировано шесть рабочих групп.
Группа сотрудничества с медицинскими организациями дерматовенерологического профиля субъектов Российской Федерации.
Сотрудниками группы осуществляется оказание организационно-методической помощи медицинским организациям дерматовенерологического профиля субъектов Российской Федерации с целью совместного выполнения научно-исследовательских работ и проведения образовательных мероприятий, ведения Базы данных пациентов с хроническими заболеваниями кожи и подкожной клетчатки, включающей сведения о более чем 9500 пациентов; а также организация сотрудничества учреждения с российскими и зарубежными общественными медицинскими организациями.
С 2019 года в ведении группы находится организация и администрирование телемедицинских консультаций и консилиумов по схеме «врач - врач», которые проводят врачи-специалисты учреждения в подсистеме телемедицинских консультаций Единой государственной информационной системы в сфере здравоохранения (ЕГИСЗ) и в информационной системе «Телемедицинская система дистанционных консультаций федерального и регионального уровней». За период 2019-2023 годов по заявкам медицинских организаций субъектов Российской Федерации сотрудниками было организовано более 2000 телемедицинских консультаций и консилиумов.
Сотрудники группы издательской деятельности осуществляют организацию выпуска журнала «Вестник дерматологии и венерологии», взаимодействуя с авторами, редакторами, издательствами, партнерами журнала, подписчиками, а также с электронной библиотекой по предоставлению журнала в электронные ресурсы.
Деятельность сотрудников группы организации информационной поддержки, созданной в 2021 году, направлена на организацию взаимодействия с редакциями средств массовой информации, общественными деятелями с целью освещения деятельности учреждения продвижение в Интернет-ресурсах, социальных сетях и СМИ информации о деятельности учреждения, подготовку информационных сообщений о его работе, материалов, содержащих экспертные мнения работников учреждения, на федеральных, городских и профессиональных информационных ресурсах; взаимодействие с пресс-службой Минздрава России в части реализации информационной политики. Сотрудниками осуществляется инициация информационных поводов для поддержания имиджа учреждения, а также администрирование и наполнение официального сайта Государственного научного центра дерматовенерологии и косметологии www.cnikvi.ru и страниц в социальных сетях.
Группа по организации клинических испытаний осуществляет организационное сопровождение участия учреждения в клинических исследованиях лекарственных препаратов: ведение документации, подготовку заседаний локального этического комитета, организацию визитов для оценки, инициации и закрытия центров клинических исследований, визитов мониторов клинических исследований. За последние 20 лет в учреждении проведено более 350 клинических испытаний лекарственных препаратов.
Сотрудники группы по организации научно-практических мероприятий принимают участие в организации научно-практических и образовательных мероприятий: конференций, съездов, конгрессов, семинаров по профилям «дерматовенерология» и «косметология», в том числе, в онлайн формате, готовят документы для аккредитации научно-практических мероприятий в системе Непрерывного медицинского образования. С момента формирования отдела сотрудниками группы организованы: четыре Всероссийских конгресса дерматовенерологов и косметологов, состоявшихся в Санкт-Петербурге в 2007 и 2011 годах и в Казани в 2009 и 2013 годах; Континентальный конгресс дерматовенерологов в Санкт-Петербурге в 2011 году; 23 Всероссийских съезда дерматовенерологов и косметологов; более 200 научно-практических конференций дерматовенерологов и косметологов федеральных округов и субъектов Российской Федерации; 11 научно-практических конференций «Школа молодого специалиста» для молодых дерматовенерологов и косметологов России.
В 2022 году в связи с организацией производственной деятельности ФГБУ «ГНЦДК» Минздрава России в составе отдела была создана группа реализации мероприятий федерального проекта «Медицинская наука для человека», сотрудники которой осуществляют взаимодействие с медицинскими организациями, входящими в научно-образовательный комплекс полного цикла, по вопросам производства медицинских изделий на экспериментальной производственной площадке; участвуют в разработке технологий производства медицинских изделий на экспериментальной производственной площадке научно-образовательного комплекса; участвуют в научно-исследовательской деятельности учреждения в части планирования, проведения и оформления результатов исследований для их государственной регистрации.