Разработка биомикрочипа для комплексной диагностики инфекций, передаваемых половым путём

В ходе выполнения работ проведены исследования, направленные на разработку ДНК-чипа, предназначенного для видовой идентификации патогенных и условно-патогенных микроорганизмов мочеполовой сферы:

  • проведен подбор видоспецифичных олигонуклеотидных зондов для идентификации спектра непатогенных, патогенных и условно-патогенных микроорганизмов мочеполовой сферы, включающего 41 микроорганизм, с помощью международных баз данных GenBank и BLAST, а также специализированных программ BioEdit, модулей ContigExpress и AlignX и программного пакета "Vector NTI 9.0.
  • осуществлен синтез олигонуклеотидных зондов с использованием метода твердофазного автоматизированного амидофосфитного синтеза на приборе ABI 3400 (Applied Biosystems, USA).
  • с использованием подобранных олигонуклеотидных зондов изготовлена экспериментальная партия ДНК-чипов, позволяющих одновременно выявлять патогенные и условно-патогенные микроорганизмы мочеполовой сферы. Разработанный ДНК-чип включает 12 ограниченных зон, содержащих необходимый набор олигонуклеотидных зондов, для одновременной постановки 12 анализируемых образцов (включая контрольные образцы). Для нанесения олигонуклеотидных зондов на поверхность чипа был использован контактный робот для микропечати, работающий за счет капиллярного эффекта.
  • проведено клинико-лабораторное обследование 150 образцов биоматериала, полученных, в том числе, от 100 пациентов с подозрением на заболевания мочеполовой сферы и 50 здоровых. Для видовой идентификации спектра патогенных и условно-патогенных возбудителей мочеполовой сферы применялись стандартные микробиологические и молекулярно-генетические методы;

Представлены следующие отчетные материалы:

  • аналитический обзор "Анализ существующих технологий создания диагностических ДНК-чипов для выбора оптимальной технологии для разработки биомикрочипа для комплексной диагностики ИППП"
  • научный отчет "Подбор олигонуклеотидных зондов для создания биомикрочипа для комплексной диагностики ИППП и экспериментальная оценка чувствительности и специфичности подобранных зондов"