Разработка методики диагностики сифилиса методом прямого протеомного профилирования сыворотки крови

Целью научно-исследовательской работы является разработка новой технологии специфической диагностики сифилитической инфекции, основанной на изучении протеомного профиля сыворотки крови и выявлении специфических маркеров заболевания.

Для поиска оптимальных моделей распределения биомаркеров, специфичных для сифилитической инфекции, проведен анализ масс/спектров белков/пептидов сыворотки крови (ClinProTools версия 2.1 (Bruker Daltonics, Германия), полученных в результате протеомного профилирования 60 образцов сывороток крови больных сифилисом и здоровых лиц с использованием 5 видов магнитных микрочастиц (MB-WAX, MB-WСX, MB-IMAC Cu, MB-HIC 8 и MB-HIC 18) с использованием разработанного ранее протокола.

В результате опытно-экспериментальных работ выявлены алгоритмы, формирующие оптимальные модели распределения биомаркеров, специфичных для сифилитической инфекции: метод опорных векторов и генетический анализ. Показана нецелесообразность использования в исследуемых группах ("манифестный сифилис-контроль", "ранний скрытый сифилис-контроль") Байесовского классификатора ввиду его низкой чувствительности (менее 87,00%).

Для проведения валидации оптимальных моделей распределения биомаркеров получены, оформлены и депонированы в банке генетических материалов ФГБУ "Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии" 160 образцов сывороток крови больных ранними формами сифилиса из 20 субъектов Российской Федерации (по 8 из каждого): Самарской, Рязанской, Мурманской, Иркутской, Костромской, Свердловской, Архангельской, Пензенской, Ленинградской, Нижегородской, Калужской, Саратовской, Читинской и Астраханской областей, Ставропольского, Краснодарского, Красноярского и Хабаровского края, республик Татарстан и Коми. При аттестации полученных сывороток крови в регламентированных в Российской Федерации методах диагностики сифилитической инфекции (РПР, ИФА, РПГА) в 100% случаев были выявлены реагиновые и специфические антитела к возбудителю сифилитической инфекции (бледной трепонеме) с сохраненным уровнем иммуноглобулинов, что свидетельствует об удовлетворительном качестве биологического материала для проведения протеомных исследований. Проведено протеомное профилирование сывороток крови больных ранними формами сифилиса, полученных из субъектов Российской Федерации (с использованием разработанного ранее протокола) и получены масс-спектры белков/пептидов биологического материала.

В результате валидации полученных оптимальных моделей распределения биомаркеров, созданных методом опорных векторов и генетическим алгоритмом, показана достаточно высокая чувствительность моделей как в отношении манифестных форм сифилиса (соответственно 91,78% и 94,52%), так и в отношении скрытых форм инфекции (соответственно 91,95% и 90,8%).

По результатам проведенных исследований подготовлена заявка на патент, которая принята 30.09.2008, входящий №049948, регистрационный №2008138741, научный отчет.